کمیسیون دولتی امور ادیان قرقیزستان در چهارم مارس ۱۹۹۶ میلادی به دستور رئیسجمهور این کشور تأسیس و پس از اصلاحات در سال ۲۰۰۹ وابسته به ریاست جمهوری قرقیزستان شد.